Il protocollo è una registrazione formale che consente ad un’azienda di registrare ed archiviare la propria corrispondenza, che acquisisce in questa maniera un valore ufficiale e la rende accessibile e valida in tribunale. Per le aziende è ormai diventato obbligatorio protocollare ogni comunicazione che avviene tramite i media aziendali e con esse anche le e-mail, che hanno acquisito grande importanza nella attività delle imprese. Oggi infatti i rapporti interaziendali vengono soprattutto gestiti via e-mail e nello stesso modo si raggiungono accordi, si precisano le attività, si stabiliscono i particolari tecnici. In caso di contrasti o di contestazioni tra fornitori e clienti l'archivio storico delle trasmissioni è un grande aiuto per dirimere le controversie. Non a caso la legge 59/1997 (detta legge Bassanini) stabilisce “Gli atti, dati e documenti formati dalla pubblica amministrazione e dai privati con strumenti informatici o telematici, i contratti stipulati nelle medesime forme nonché la loro archiviazione trasmissione con strumenti informatici sono validi a rilevanti a tutti gli effetti di legge.”
Il processo di protocollo delle e-mail per la sua delicatezza e la sua complessità non può essere perciò gestito in maniera 'artigianale'. Nelle pubbliche amministrazioni succede a volte che le e-mail in entrata ed in uscita vengano stampate regolarmente per poi essere protocollate ed archiviate in faldoni. Questo procedimento non mette al riparo da dimenticanze, errori, negligenze.
Protocollare le e-mail aziendali però non è solo un obbligo di legge ma anche una garanzia  per l'azienda moderna, in quanto strumento di difesa indispensabile. Perché in ogni controversia tra clienti e fornitori ciò che è scritto resta un documento in caso di contestazione. È quindi diventato indispensabile per l’azienda conservare tutte le e-mail che vengono scambiate con i propri interlocutori, sia in ingresso che in uscita e, in accordo con la legge, assegnare ad esse un protocollo di riferimento.
Ma come fare senza spendere un capitale in tecnici informatici o in società di consulenza? E come scegliere il sistema di procollazione giusto? Il sistema deve infatti obbedire agli obblighi di legge: la protocollazione e l’archiviazione, ad esempio, devono essere completamente automatizzate e devono avvenire in contemporanea all’invio/ricezione del documento (ed essere in tal modo indipendenti dall’attività e dalla discrezione altrui). Inoltre il tutto deve avvenire nel pieno rispetto delle regole della privacy che prevedono i modi e le forme con i quali l'azienda può accedere ai contenuti delle e-mail che vengono regolarmente inviate e ricevute.
Abbiamo trovato su Internet una società informatica che fornisce consulenza gratuita per consentire alle aziende e alle pubbliche amministrazioni di scegliere il sistema di protocollazione più adatto.